Por su actividad proselitista, fue perseguido y torturado y, luego de la debelada revolución aprista de 1932, fue encarcelado, pero liberado al año siguiente, en 1933, por una ley de amnistía. En esta época empezó a publicar algunos relatos, pero en 1934 fue deportado a Chile. En 1935, su novela La serpiente de oro ganó el concurso de la editorial Nascimento de Chile, y en 1939 obtuvo, con su novela Los perros hambrientos, el segundo premio de novela de la editorial Zigzag, también de Chile. Dos años después, en 1941, con su gran novela indigenista, El mundo es ancho y ajeno, ganó el primer premio convocado a nivel continental por la editorial estadounidense Farrar & Rinehart.
Después de recibir este premio se estableció en Estados Unidos, primero, y luego en Cuba y Puerto Rico. Se dedicó al periodismo, la traducción y la enseñanza universitaria, así como a la literatura, aunque no publicó nada por estos años. En 1960 retornó al Perú, donde a sus actividades usuales sumó la carrera política: se afilió al partido Acción Popular en 1963 y llegó a ser elegido diputado ante el Congreso de la República. En 1963 publicó su última obra: Duelo de caballeros (libro de cuentos). Falleció en 1967, en la localidad de Chosica. Dejó varias novelas inconclusas así como varios relatos inéditos, que fueron publicados por su viuda, Dora Varona, quien se convirtió en una gran estudiosa de su vida y obra literaria
Obras:
En vida, Alegría publicó las siguientes obras: - La serpiente de oro (Santiago de Chile, Editorial Nascimento, 1935), novela Primer premio del concurso de novela convocado por la Editorial Nascimento de Chile.
- Los perros hambrientos (Santiago de Chile, Editorial Zig Zag, 1939), novela, Segundo premio del concurso de novela convocado por la Editorial Zig-Zag de Chile.
- La leyenda del nopal (Santiago de Chile, Editorial Zig Zag, 1940), cuentos ilustrados para niños.
- El mundo es ancho y ajeno (Santiago de Chile, Editorial Ercilla, 1941), novela. Primer premio del concurso Latinoamericano de Novela convocado por la Editorial Farrar & Rinehart de Nueva York.
- Duelo de caballeros (Lima, Populibros, 1962), colección de 7 cuentos y 2 relatos.
Después de su muerte y a base de escritos insertos en la prensa periódica o manuscritos inéditos, su viuda Dora Varona editó las siguientes obras:
- Panki y el guerrero (Lima, 1968), cuentos y leyendas amazónicas para niños. Premio Nacional de Literatura Infantil "José María Eguren".
- Gabriela Mistral íntima (Lima, Editorial Universo, 1969), ensayo.
- Sueño y verdad de América (Lima, Editorial Universo, 1969), relatos de hechos históricos basados en los cronistas y en Ricardo Palma.
- La ofrenda de piedra (Lima, Editorial Universo, 1969), tres cuentos, un relato, cuatro fragmentos de novelas y completa la magistral novela corta Siempre hay caminos.
- Siempre hay caminos (Lima, Editorial Universo, 1969), novela corta.
- El dilema de Krause (Lima, Ediciones Varona, 1969), novela inconclusa, de carácter testimonial y autobiográfico sobre su paso por la Penitenciaría de Lima.
- La revolución cubana: un testimonio personal (Lima, Editorial PEISA, 1971), ensayo.
- Lázaro (Buenos Aires, Editorial Losada, 1973), novela inconclusa.
- Mucha suerte con harto palo (Buenos Aires, Editorial Losada, 1976), memorias armadas a base de distintos escritos periodísticos, autobiográficos y ficcionales.
- Siete cuentos quirománticos (Lima, Ediciones Varona, 1978), narraciones urbanas ambientadas en Nueva York y ciudades hispanoamericanas (cinco cuentos, un fragmento de novela y la notable novela inconclusa El hombre que era amigo de la noche).
- El sol de los jaguares (Lima, Editorial Varona, 1979), cuentos amazónicos,
- Fábulas y leyendas americanas (Madrid, Editorial Espasa-Calpe, 1982).
